Partneri u kršenju ljudskih prava: EU čuvari granica uskoro i u BiH
Tokom godina, Frontex je uključen u niz kontroverzi zbog čega im je jedno vrijeme bilo blokirano odobrenje proračuna, a istragu protiv Frontexa potom je otvorio Europski ured za borbu protiv prijevara (OLAF). Na istragama i provjerama godinama insistira i Europski parlament. Jedan od najvećih skandala koji uključuje ovu agenciju tiče se navoda o njihovom aktivno učešću u protjerivanju tražitelja azila u Egejskom moru, na obalama Grčke.